晶體日記（十九）- 給使用OMIT完整的證據鏈- X射線衍射XRD

有個(ge) 存在於(yu) 但是不限於(yu) 晶體(ti) 學的問題：遇到問題，優(you) 先級不是想著怎麽(me) 理解，怎麽(me) 解決(jue) ，而是想著怎麽(me) 掩蓋，讓別人看不到，或者忽略。

近期聽到一個(ge) 有意思的詞，“離群衍射點"，指的是精修時發現的（Fo vs Fc）誤差值過大的衍射點，or Most Disagreeable Reflections。雖然聽到時是個(ge) 烏(wu) 龍，被當成了Q峰。當然這是常見的概念上的混亂(luan) 和張冠李戴，這個(ge) 就不吐槽了，太費神。但是“離群" 就“刪掉"了之了麽(me) ？

聊聊OMIT

既然說到了這個(ge) 事情，那就得聊聊OMIT這個(ge) 事情。如同Squeeze的濫用，為(wei) 了獲得比較好看的一些指標，OMIT也在被濫用的狀態。經常看到明明衍射超好的數據，可是卻被一個(ge) 不知道誰教的死板指令 “OMIT -3 50" 活生生的砍在了一個(ge) 固定的分辨率。細究起來，你會(hui) 發現，很多學生根本不知道這個(ge) 指令是啥意思，隻知道說：這樣可以提高完整度，降低R1值。 What？為(wei) 了提高完整度刪除數據？這是個(ge) 啼笑皆非的事情。繼續再問，你會(hui) 發現甚至很少有學生知道 這裏的-3 是什麽(me) 意思。或者是使用一長串匪夷所思的OMIT h k l。據說不隻是為(wei) 了去掉所謂 Error/esd 大於(yu) 10的衍射點，而是為(wei) 了讓R factor降低到自己或者審稿人結構滿意的水平。然而對於(yu) 應該關(guan) 注的結構本身，卻不加什麽(me) 改進。忽略了，看不見，就當作沒有問題。這時候我會(hui) 覺得粉末的Rietveld結構精修反而不會(hui) 有那麽(me) 多讓你“假"的機會(hui) 。單晶結構精修的毛病之一就是從(cong) 數據處理到結構精修給你機會(hui) ，讓你選擇性的忽略。

OMIT的使用

撇開這些“原則"性的問題，OMIT的使用，在上其實可以看到三種不同的語法。

OMIT atomnames 創建 omit map 獲取原子無序的清晰電子雲(yun) 圖譜。

OMIT s[-2] 2θ(lim)[180]  限定忽略2θ的範圍（分辨率），以及信噪比很低的衍射點的處理方式（s的設定）。無特定理由，不推薦隨便忽略有效的高分辨率數據。

OMIT h k l 忽略特定的衍射點。Beam stop陰影影響的衍射點，或者強度偏差較大的衍射點。但不應濫用。

分辨率和完整度的問題之前已經討論過很多次，所謂用OMIT提高完整度是沒必要而且相當扯的事情。
正確求解的打開方式

而忽略的特定的衍射點則更需要細究很多事情。忽略Fo和Fc偏差很大的衍射點，為(wei) 什麽(me) 一定是Fo出了問題呢？

很多時候這是結構模型搭建的有問題，導致Fc的計算出現了偏差。所以在沒有搭建好合理的模型之前，就不要去質疑數據本身存在問題。如果結構模型沒有問題了，依然出現了大量的偏差很大的衍射點。比如Fo >> Fc，伴隨的問題肯定是R1降不到數據看起來應該有的水平，那大概率這是孿晶的問題，這個(ge) 時候不去處理孿晶，反而用OMIT去忽略衍射點就是找錯了病因，或者根本沒找病因，亂(luan) 開藥的形式了。如同看到大的Q峰就說是無序，就做squeeze，就說是孿晶導致的… 都是不負責任的回答。如果沒有孿晶，結構模型也沒有問題，有些低角度的衍射點強度偏差很大，這時候我們(men) 才考慮的是這些衍射點受到了Beamstop的影響。然而這也不是無誤的。你給一個(ge) 所謂的“離群"衍射點推定了有罪，就需要有相應的證據。所有的衍射數據都在衍射圖中，我相信沒幾個(ge) 人會(hui) 消滅衍射圖上的證據，即便你會(hui) 數據造假。比如這個(ge) 數據，在lst 文件中的Most Disagreeable Reflections中可以看到兩(liang) 個(ge) 特別離譜的衍射點，Fo^2 遠遠小於(yu) Fc^2，接近於(yu) 0。

找特定的衍射點的原始數據是個(ge) Easy的事情，回到APEX5-> Examine Data-> Find a reflection ，去查看這些衍射點究竟發生了什麽(me) 。

我們(men) 可以清楚的看到一些衍射點恰好位於(yu) Beamstop的後麵。看起來使用omit指令是合情合理的。但這還沒有結束。仔細去看 1 1 2 等效衍射點的分布，我們(men) 會(hui) 發現，有些衍射點距離陰影很遠，有些則被陰影覆蓋。

等效衍射點具有相同的d值，出現在相同的2θ角。這樣的結果，隻有一個(ge) 原因，Beamstop陰影並不是以光路中心為(wei) 圓心的圓，而是偏向了一邊。打開分辨率環就可以明顯看到這個(ge) 問題的根本原因：Beamstop並沒有在中心位置。

所以Beamstop這才是根本的原因，簡單將Beamstop調整歸位就可以解決(jue) 這樣的問題。任何衍射點都有它存在的意義(yi) ，尤其這些強衍射點對電子雲(yun) 圖的計算貢獻更大。所以就算是給一個(ge) 衍射點判失誤，也要給它足夠的“罪證"。實驗本身是為(wei) 了發現未知，而未知會(hui) 體(ti) 現在很多反常的現象裏。眼不見心不煩，亦或是偷偷用假的方式去美顏，去修改，去掩蓋，都不應該是一些軟件設計者的初衷，亦或是使用者偷懶的手段。

科學並不是為(wei) 了迎合誰。

PS: 當然我也知道講了再多，也很少人會(hui) 去仔細的去找證據。也許大家內(nei) 卷的都太忙了吧.. 不過有時間了，琢磨琢磨，會(hui) 打翻自己潛意識裏已經認定的很多認識。很多事情，並沒有保證的對錯而言。

-轉載於(yu) 《布魯克X射線部門》公眾(zhong) 號